媽祖的祖先為莆田望族，唐末五代於地方為官者很多，五代末天下亂，媽祖祖父棄官遷來湄洲隱居。媽祖的父親叫林愿，字惟慤，母親王氏，平日廉潔篤實，樂善好施，夫妻生一男五女，因長子洪毅，身體虛弱，甚感子嗣單單薄，日夜祈禱，希望觀音菩薩庇佑再添一子。某夜，媽祖的母親在睡夢中，隱隱看到觀音菩薩賜她一粒藥丸，把藥丸吞服後，不久王氏就懷孕了。建隆元年3月23日黃昏，有一道紅光從西方射入寢室，光輝奪目，室內異香氤氳不散，此時，媽祖的母親感覺肚子裡一陣劇痛，不久就順利產出一女。祂的父母看到所生的嬰兒又是女的，有點失望，但仔細瞧著，這嬰兒與眾不同，且是觀音菩薩賜靈丹所生，因此十分疼愛。

媽祖誕生後，經過一個多月，未聞哭聲，父母就給祂取個名子叫「默」。媽祖小時後就與一般女孩不同，端莊嫻淑，八歲時，父親延師來家設塾，媽祖開始讀書識字。十三歲有老道士玄通者來往其家，媽祖不但殷勤接待，且經常給予捐助。老道看媽祖慈悲喜捨，就對林愿說：「默娘似具有佛性，若加培育便能濟渡世人，修成正果」。林愿很高興，老道就開始把玄微的祕法傳授給媽祖，媽祖敬受，日夜勤習，漸漸領悟宗教奧秘。三年後，有一天媽祖操演法術後，看到井中浮現符瑞，即媽祖法力已可通天地，可以驅邪除惡，為民消災解厄。此後媽祖於莆田地區救護生靈，拯救遇難船隻，各地村民感恩載德，尊稱祂為「通賢靈女」。

宋太宗雍熙四年(西元987年)，歲次丁亥，秋9月8日，媽祖突然向家人說： 「明天是重陽佳節，想去登高，所以先來和家人告別」。九月初九日黃昏，媽祖登上湄山，遠處仙樂傳來，媽祖就坐化成道。