中國古代寺廟、道觀、宮殿、衙署乃至聚落城市常有鐘樓及鼓樓之設置，有警戒或儀典之用。唐代佛寺已出現鐘鼓樓，多設置於山門之內，東側為鐘樓，西側為鼓樓，取晨鐘暮鼓之典故。
朝天宮未建鐘鼓樓時，鐘鼓係懸於正殿之內。現正殿內尚有清代提督王得祿所獻梵鐘，形式為荷葉口型，深具文物價值。
民國五十二年（西元一九六三年）朝天宮護室改建時新建樓閣式鐘鼓樓，由澎湖匠師謝自南設計。鐘鼓樓突出於屋頂之上，採重簷歇山式屋頂，外觀秀麗俊逸，雖為水泥構造物，但模仿木結構唯肖唯妙，細部雕琢至為玲瓏剔透，有飄逸之趣。它的四根外柱均盤龍，而「平座」欄杆扶手作成弓形曲線，處處顯露承繼宋朝樓閣之古風。不過，鐘鼓樓的方向並非朝向正殿，而是面對廟前，此種佈局較為罕見。