康熙三十三年(1694)，佛教臨濟宗第三十四代禪師僧樹璧奉湄洲天后宮神像來台，在諸羅海口笨港登入。時台灣荒地以闢，人口日增，笨港扼海交通要衝，船隻輳集，人口知增加尤速；彼輩均來自福建，素感神靈，無從瞻拜，故見僧人奉神像來，遂議留為主持香火，初賃民居，矮屋低簷，至為簡陋。康熙三十九年，再議公建，時有陳立勳者，為福建省同安縣人，於明季即入台拓殖，於今嘉義縣鹿草鄉、六腳鄉；雲林縣水林鄉、北港鎮一帶擁有田園數百甲、店面甚多，為大業戶，並於今廟前左側，營土壟間，碾米販運內地，時感神靈，思報神恩，乃捐獻廟地，編竹葺茅，成一小祠，規模雖小，祈禱報賽，殆無虛日。

康熙六十年（西元1721年）朱一貴抗清事件發生，全臺騷動，清福建水師提督施世驃、南澳總兵藍廷珍率兵入臺。今台南、高雄、屏東一帶，備受蹂躪，朱一貴最後雖然於笨港附近之溝仔尾莊楊旭家被縛，然兵燹並未波及笨港，生民未受塗炭，地區仍得繼續發展。

康熙六十一年（西元1722年）康熙駕崩，雍正繼位，笨港地區日益繁榮。雍正八年（西元1730年），神光屢現，荷庇佑者，醵金重建，易茅以瓦，至此觀瞻，煥然一新。諸羅縣令馮盡善復批准樹璧於笨港溪設渡以濟行旅，所得則為香燈之資。樹璧以「人能宏道，非道能宏人」，深知欲使廟宇萬禩馨香，則必培養生徒俾繼其志業，乃擇能澤（篤齋）為徒，夙夜勤加教導，俾傳其衣缽。而能澤亦能仰體師意，勤奮向學。及樹璧圓寂，能澤遂繼其志，主持祀事。能澤於主持朝天宮祀事之餘，亦重繼任人才之培育，先後收錄岐衍、鼎梅、妙琛、妙鞏、妙珍等五人為徒，並量才分授以學。因能澤學養精湛，譽望日隆，遂為彰化縣令某禮重，聘兼彰化縣僧綱司事，總管虎尾溪以北宗教事務。

人傑地靈神自興，乾隆十六年（西元1751年）距雍正八年新建已二十一年，不免丹青剝落，土觕亦間有傾圮，能澤遂加以修葺。至乾隆三十九年（西元1774年）笨港縣丞薛肇熿蒞任，往訪能澤，既心儀其人，復以宮殿制觕樸卑，不足以昭虔妥靈，乃謀於貢生陳瑞玉、監生王希明、蔡大成等人，並率先捐俸以為倡。笨港總約楊允夏、張克昌、行戶劉恒隆、陳愧賢、梅山蔡世國、鄭奇偉等人，聞訊紛紛解囊鼎力協助。廟成共費銀一萬五千元，築成神殿二，拜亭二，東畔室仔二，共六間，正殿奉祀媽祖，後殿奉祀觀音佛祖、十八羅漢。薛肇熿並撰文立碑，碑額云：「重修諸羅縣笨港北港天后宮碑記」以紀其事。碑石及當年雕刻之石雕龍柱一對，尚存留廟天宮聖父母殿前埕及正殿。光緒二十年（西元1894年）倪贊元編雲林縣采訪冊時，亦錄有重修諸羅縣笨港天后宮碑記於大槺榔東堡藝文篇。觀音佛祖殿內現存之龍柱雕刻雄渾生動，十足反應當時民風之淳樸及社會。生機之渾厚現今研究臺灣地區藝術史學者，皆視為珍寶

乾隆二十五年（西元1760年）諸羅縣城晉江籍民擬共創一廟以奉祀媽祖，遂請能澤薦人。能澤以首徒岐衍德行俱佳，遂薦其前往主持其事。廟成，官書稱為西門天后宮，但因係泉州籍民募款創建，當地居民皆稱之為溫陵媽廟。此為朝天宮僧侶受聘出任他廟住持之首例。乾隆四十二年（西元1777年），岐衍年五十八歲，體力日衰，為物色繼任人選。乃請於其師能澤。能澤遂薦妙琛前往。乾隆四十八年（西元1783年）岐衍圓寂於朝天宮為諡「仁智」，並於本宮祀之。

岐衍圓寂後，師弟妙琛續被聘為溫陵廟住持，克勤克儉，以供香燈，至嘉慶十一年（西元1806年）以銀二百四十一元購入濫尾莊園三坵，永為香燈之資，其後再置，至嘉慶二十三年（西元1818年）共園五段、田二段；北門西門店各一間，其儉德備受各界欽仰。道光三年（西元1823年）妙琛圓寂，本宮為諡「仁」，亦於開山廳祀之。能澤徒五人，各自有傳人。岐衍傳徒法俊。鼎梅傳禪宗，禪宗傳景端。妙琛傳徒體正、體紀。體正傳景璋、葉祠。妙鞏傳仰仲。妙珍則傳志心。乾隆五十三年（西元1788年），能澤、妙珍相繼圓寂，諸長老以妙珍徒志心賢慈，公推繼任主持祀事，創下朝天宮立賢不立長之例，奠數百年不拔之基。

乾隆五十一年底（西元1786年），林爽文抗清事件發生，笨南港坂頭厝等七莊居民起而響應。次年五月，赤氛愈熾，閩督李侍堯以繒船安放礮位，令營員帶同水師鎗兵分駐鹿耳門，鹿仔港等處。官兵既去，笨港北街紳民見爽文軍非節制之師，不足以有為，遂結壘自固。五月三十日，賊設伏陷壘，遇害者百零八人。爽文軍既陷笨港北街，無人敢出面收屍，卒由本宮僧侶將屍身攏聚，於水師汛旁挖一大坑埋之，街民以其護民有功，遂立祠祀之，廟即今北港義民廟，墳、塚尚存。九月，清軍由普吉保率領，分三路衝擊位於坂頭厝莊等處賊巢，擒賊首楊意、蘇媽、張固等數百人，焚坂頭厝等七莊，賊眾退散，笨港於焉收復。笨港收復，形同廢墟，鄉民紛紛致力重建家園。本宮住持志心率徒弟修論、修德、修誠等孜孜意矻矻，勉力維持廟貌、香火於不墜。

乾隆五十九年，修誠以三十六強年圓寂，修論、修德則往外發展。及志心圓寂，遂以徒孫浣衷繼承祀事。其時，浣衷年僅三十餘，英年有為，任事三十年並重興本宮兩次。浣衷繼任住持後，即挑選俊秀青年加以培育，共收徒六人，分別為：溫恭、皈藏、邇蓮、（後出任臺南市普濟殿住持）、丹霞、邇鶴、丹嚴。師徒七人同心協力以維香火外，並請准仍於笨港溪設義渡，對過往行旅酌收捐香油錢若干以供香資。如此，累至嘉慶二年（西元1797年），已達數百兩，浣衷本擬悉數用為興建本宮之資。不意是年臺灣遭逢前所未有的颶災，臺屬各縣、廳無不災情慘重，笨港地區更為其尤者。浣衷乃將款項移作賬災之用，直至嘉慶五年，始重興本宮。浣衷亦重學術，曾派邇蓮赴福建省龍溪縣天柱巖留學，此後並蔚成風氣。

嘉慶九年（西元1804年）以後，臺灣近海因海盜蔡牽不時出入侵擾而不安。次年，鳳山洪四老等起而響應，于是蔡牽偽造逆示，自稱「鎮海威武王」，於十一月起事滬尾，守備陳廷梅戰死。二十四日蔡牽入鹿耳門，下洲仔尾。自是，南北聲息不通。而笨港附近大、小槺榔山賊俱起，笨港民眾多受騷擾苛派米糧，致百業蕭條。浙閩水師提督李長庚舟師追擊蔡牽，蔡始逸去。嘉慶十三年李長庚中礮身亡。清廷命原澎湖副將補授福建福寧總兵王得祿提督浙閩水師。十四年，蔡牽投海自斃，海寇悉平，而山賊亦皆伏誅。