因笨港南部份街肆已遭沖毀，原從事糖、米生產者逐漸遷往東方約五公里之麻園寮暫居，至嘉慶九年新建街肆，稱「新南港街」。並成為米、糖供應中心之一。仍留居南港者，則為前街從事笨港、龍溪間貿易之龍江郊、糖郊及船行。是年（一八0四）新南港第一座廟宇大興宮在泉州同安籍民領導下創建，崇奉保生大帝。嘉慶十六年第二座廟宇肇慶堂接著創建，供奉福德正神。嘉慶十九年（一八一四）笨南、北港三郊重建水仙宮於原廟南方數十公尺處，嘉慶二十三年（一八一八）新南港街民新建媽祖廟奉天宮。

道光十二年（一八三二）嘉義店仔口莊人張丙豎旗舉事。打貓西堡崙仔莊人陳辨起而響應。分大小四十二股，每股百餘人或數百人，又令各莊居民出銀、領旗自保，否則臨之以兵，各村莊弱小者，不得已附之。旬日間，眾至三萬，而南北各莊遂有見其勢盛，起而應之者。十月十二日，陳辨率眾攻笨北港。笨北港居民協助笨港縣丞文暄、千總蔡凌標全力抵禦，陳辨等見未能克，退而紮崙仔莊、灣仔內一帶。

張丙初起，頗能自制，不侵鄉里，領其旗者即可自保，迨勢力日大，紀律日弛，爰至責索無厭，稍有不應，則縱部大掠。而陳辨係漳籍移民，對居於笨南港之泉人百般需索。泉人不堪負荷者，率避居笨北港。時王得祿自內地募義勇五百人，返嘉，於樸仔腳拏獲張紅頭等賊。十月二十八日，王得祿堂弟王得蟠圍詹通於灣內莊，台灣鎮總兵劉廷斌復出兵助之，斬丙眾百餘人，焚其寮，燬其車八輛。笨北港圍始解。十二月，張丙、陳辨、詹通等先後被獲，其事始平。

張丙事件平定後，笨港居民深覺教育之重要，貢生蔡慶宗乃於道光十九年（一八三九）於北港創建文昌祠，前殿奉祀文昌帝君，後殿祀朱熹（晦翁）及其四高足：黃幹（勉齋）、蔡沈（九峰）、陳淳（北溪）、真德秀（西山），並於其內成立聚奎社，朝夕會文講學，致力文化傳承。

道光以後，笨港溪仍不斷侵蝕南岸，溪沙漲滿，位於溪邊之關聖帝君廟以陸師汛兵移駐他處，乏人照料，長久經風雨剝蝕，蟲蟻損傷，基地日危，觀者側然。北港泉州郊金合順、廈門郊金正順因聯合南港龍江郊金晉順及闔笨街民，於道光二十八年（一八四八）於水仙宮後增闢一殿以奉祀關帝。道光三十年（一八五０）廟成。由此資料，可見當時笨港區仍為一大都會，當時台灣主要都會台灣府、鹽水港、嘉義城、樸樹街（朴子）眾及鹿港海防同知、嘉義縣令等，皆踴躍捐輸。

捐款人就笨港本地而言，笨北港之泉州郊金合順、廈門郊金正順共捐銀二千四百九十元，笨南港之龍江郊金晉順捐銀八百三十元，笨北港恰為笨南港之三倍。就個人捐款而言，新南港一八人、舊南港一一人，笨北港街七二人，笨北港多於舊南港約七倍，亦多於新南港約三倍。金額，新南港二０五元，舊南港六六元，笨北港街五三六元，笨北港街捐款為舊南港八倍以上，亦超出新南港二倍以上。 （一）個人之捐款：人數笨北港街多於新、舊南港，可見個人之財富笨北港勝於新、舊南港。
（二）店鋪之捐款，店數笨北港多於舊南港七倍，亦多於新南港四倍以上。平均金額，郊為集體捐款及油車行為小工業不計外，笨北港之金額，亦比新、舊南港超出甚多。至民國以後，水仙宮歷次重修，仍由北港街人士捐獻領導重建。如民國三十六年水仙宮殘破不堪，即由時任北港朝天宮管理委員之王吟貴、許壬子、蔡裕斛、阮火權、蔡連德、林岸與南港人許平領導重建。

咸豐十一年（一八六一）冬，彰化縣捒東堡四張犁莊漳人戴潮春（萬生）結天地會作亂，同治元年（一八六二）春三月十七日，淡水同知秋曰覲率師討賊，兵敗於東大墩，死亡。戴潮春攻彰化，二十日，城陷，各官被拘。潮春自稱大元帥，戴彩龍為二路元帥，鄭玉麟為大將軍。泉人被掠者頗眾，漳泉遂分氣類，城中泉人逃避一空。

四月，新南港漳人嚴辦（亦作辨），亦引大股賊應之，菁埔莊何錢鼠、何萬基亦據地以為聲援。戴遂命圍政嘉邑，另股撲笨北港。港人議戰、議避，莫衷一是，相率禱於本宮天后。卜戰吉，議遂定，乃培土為壘，引溪水入乾隆十五年以前舊河道為濠。賊大聚至。居民迎天后神旂出禦，賊不戰，退。自是屢來窺伺。既不得逞，遂破新街，焚掠居民。笨北港人集義勇出救，出被難男婦甚多，兼擒賊二人。唯賊勢眾；新街未能即復。

七月，台澎掛印總兵林向榮得廈門援兵，店仔口賊吳墻、柳仔林黃豬羔等大股相率降官（黃豬羔後復叛），屯番把總段得壽亦帶屯番三百名，與嚴辦、陳弄連戰數日，斬獲頗多。時笨北港居民與官兵分道合擊新街逆賊，大敗賊黨，狂追十餘里，遂復新街，並隨官軍往復嘉邑，嘉邑紳士王朝輔、陳熙年亦開門率兵勇出擊，殺退群賊，嘉邑圍解。

九月，嚴辦，陳弄率部攻土庫，陳澄清詐降：乘夜，攻敗之。十月，嚴辦率眾轉攻鹽水港，未能下。十一月，嚴辦竄踞馬稠後等莊，再圍嘉邑。

同治二年（一八六三）二月，嚴辦糾集十餘股首，各帶匪黨，退踞新南港、大崙，擬再攻笨北港。三、四兩月，湯參戎督帶勇丁，會攻新南港賊巢，斃匪甚多。五月，清廷罷水師提督吳鴻源，以曾元福代之。六月，駐笨北港游擊吳邦機鼓舞各處莊民助官殺賊，並約南、北港義勇分為兩路與賊大戰，自午至酉，連獲勝仗。初十日，兵勇義民進攻新南港，自辰至申，人獲勝仗。新街蔡姓義勇旁衝而出，截賊去路，賊匪死戰逃入莊內。十二日，各軍又分路往攻，至酉刻始收隊。自是嚴辦不敢復出。

十月，新南港街民林有枝、林味父子，詣轅，願殺賊自效。吳邦機允之，命率鄉民為前鋒，遂逐嚴辦，擒張三顯，嚴辦竄正音莊。寇平，林有枝因功授五品頂戴，藍翎、林味授六品頂戴，其餘次第升賞。

十一月，嘉義、斗六一帶賊匪肅清，笨北港義勇陣亡者，計有：蔡水、蔡升、蔡棕、洪趖、邵文、許憨、鄭蔭、許賦、楊明首、吳厚、蔡才、王良、許會貴、蘇貞、許際好、蔡烏西、陳秋、許王印、向嗡、邵習、周撓、劉運、王赤、蔡崩、許軍、蔡錢、王友明、蔡然棕、洪厚、蔡彫、洪太、楊埔、蔡念、王得成、許際提、許會塔等三十六人。笨北港揚清局紳商總董為合立神位，祀義民祠中。