清代祀典，最崇天后，每年春秋，笨港分縣及水師千總，必親典祭。是日，守土官具祝版備器，陳羊一，豕一，簠籃各二，籩豆各十，罏鐙具。殿中少南設案供祝版。北設一案，陳帛一，香盤一，尊一，爵一。設樂於南階上，設洗於東階下之北。祭官拜位在階上正中，司祝，司香，司帛，司爵，典儀，掌燎，各以其職為位。

　　祭官朝服行禮，入中殿門至香案前。贊：上香。司香跪奉香。官上炷香三，上瓣香，畢。贊：復位。官復位，立。贊：跪，叩，興。官行三跪九叩，興。贊：奠帛爵，行初獻禮。司帛跪獻篚於案，三叩，興。司爵立獻爵於正中。皆退。司祝詣祝案前，跪，三叩，興：奉祝版跪案左，樂暫止。贊：讀祝。贊：跪。官跪。司祝讀祝，（文因地隨時撰擬。）畢，興；奉祝版跪安於篚內，叩如初。興，退。樂作。贊：叩，興。官三叩，興。贊：亞獻。司爵奉爵獻於左，退。贊：終獻。司爵奉爵獻於右。退。贊：送神；跪，叩，興。官三跪九叩，興。贊：奉祝帛送燎。司祝、司帛謂神位前，咸跪，三叩，奉祝帛，興。．司香跪奉香，興，以次送至燎所。官避立拜位西，俟祝帛過，復位，立。贊：望燎。引官謂望燎位，氐燎。贊：禮畢。官仍由東側門出。樂止，各退。同日祭後殿。禮率初。

　　本省淪陷，自大正年起，每年農曆三月廿三日祭聖，北港郡守必親主祭，以攬民心。光復後，每逢農曆三月廿三日祭聖，歷任鎮長亦必列席，虔誠與祭。

三月十九日：媽祖遶境

農曆三月十九、二十兩天，媽祖鑾駕出巡，場面浩大，有陣頭、藝閣、花車及化裝表演，行列長達四、五公里，熱鬧場面為全省各地所罕見。本來僅在農曆三月十九日，舉行一天遶境；至民國四十四年，縮小正月祭典，始將三月之遶境擴大為二天。詳見媽祖遶境單元。

三月廿三日：媽祖誕辰

拂曉祭聖，悉遵古法。（例先祭聖父母而後致祭媽祖，儀式相同。）先數日召開董監事會議，分擔左列任務：主祭一人，陪祭若干人，通唱一人，讀祝一人，引贊二人，司毛血二人，司帛一人，司旗一人，司傘一人，司燈二人，司爐二人，司旌二人，司節二人，司扇二人，司扉二人，司爵一人，司饌二人，司香一人，司鼓一人，司幃一人，司鐘一人，糾儀一人，司鉞二人，司鈇二人。天色未明，各員齋戒沐浴，集合宮中。上午六時正，開始祭典。具備祝帛，羊一，豕一，牲禮一付，筵席一，青果四色，糕餅四色，粿類若干，依照左開順序，隆重舉行。本宮董事長擔任主祭，董監事及地方人士任執事，與祭人員均著長袍馬掛。

　　鳴鐘擂鼓，鳴炮，奏樂，啟扉。贊：就位。各以其職為位。贊：啖毛血。司毛血捧毛血盤出宮，復位。贊：行盥洗禮，主祭陪祭依次至盥洗所洗手。復位。贊：獻香，主祭進前，司香遞香，主祭上香，行三跪九叩頭，復位。匝神。鐘鼓齊鳴，司燈，司爐，司旗，司傘，司旌，司節，司鈇，司鉞，司扇分列兩隊，下階，至拜殿由側門出，中門入，復位。鐘鼓止鳴。贊：行初獻禮。小吹隊奏樂（譜為開元宵），主祭至祝案前，行三跪九叩，復位。樂止。贊：行讀祝禮，主祭至祝案前行三跪九叩。司祝恭捧祝牌，讀祝如下：

“維中華民國○○年歲次○○三月朔○○越念三日○○，主祭○○○，陪祭○○○暨閣港紳商總董等，謹以剛鬣柔毛牲禮饈果品香楮金帛之儀，致祭於褒封天上聖母之神前曰：千秋水德，萬里慈航，濟世菩薩，補天媧皇，功德實同覆載，崇報祇宜優隆，逢誕辰之吉日，盡諸子之微衷，薦以金帛，奉以豆觴，神其來格，鑒此馨香，尚饗！”

　　讀畢。主祭三叩頭，復位，小吹隊奏樂（譜為錦上添花）。贊：行亞獻禮。主祭至神案前，行三跪九叩。復位。贊：行三獻禮。主祭再至神案前，行三跪九叩，復位。贊：行三獻爵。主祭進神案前，敬酒畢，復位。贊：全員三鞠躬。全員各就其位，行三鞠躬。小吹樂止。鐘鼓復鳴。司燈，司爐，司旗，司旌，司扇，司傘，分列兩隊，出拜殿正門，由側門入，復位。贊：焚祝帛，司祝司帛奉祝帛依次出宮，交執事焚化，望燎復位。贊：禮畢。後祭境主公，獻香，獻爵，獻帛，儀式從簡，祭典歷四十分鐘結束。